Després de que el mestre de Nausicaä i el princep del regne de Pejite, Asbel, descobriren les armes biològiques que estaven preparant els científics de la Confederació Durku per a lluitar contra el regne de Tormekia, Yupa i Asbel, juntament amb una chica de Durku, escapen dels fanatics soldats de Durku que volien matar-los per descobrir el gran secret d'una confederació d'estats regida per un fanatisme religiós terrorífic. Més tard els amics de Nausicaä són derribats per un cuirassat de Durku i cauen a un bosc contaminat, per sort uns habitants del bosc els recullen i cuiden d'ells fins que marxen per buscar a Nausicaä. Mentres tant Nausicaä, la princesa de la Vall del vent, acompanya a la princesa Kushana de Tormekia en el seu vol cap al front de guerra de Tormekia. Quan arriben a la batalla es troben que l'exercit de Tormekia es troba en un castell rodejat per les tropes de Durku, Kushana fa aterrar la seua nau en el castell per a intentar rescatar als seus soldats. Preparen una ofensiva amb la cavalleria per a destruir els canons de l'exercit de Durku i així poder escapar del castell amb el corvet (nau de guerra de mitjana grandària). Al final, part de l'exercit de Tormekia aconsegueix escapar del setge de Durku, pero un accident en un laboratori d'un cuirassat, provoca la difusió d'un fong que comença a contaminar tot el territori que troba al seu pas.
